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Avis de Soutenance

Madame Taissa PEREIRA DOS SANTOS
Ecologie de la santé
Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés ;

Invasion d’Aedes albopictus dans les milieux forestiers tropicaux et potentiel pour l’émergence de virus zoonotiques au Brésil

 

dirigés par Monsieur Christophe PAUPY et Monsieur RICARDO LOURENCO DE OLIVEIRA
Soutenance prévue le mardi 19 mars 2019 à 13h30

Lieu : Institut de Recherche pour le Développement, 911, Avenue Agropolis BP 64501, 34394
Montpellier Cedex 5, France
Salle : Amphithéâtre des Plantes

 

Composition du jury proposé :

M. Christophe PAUPY, MIVEGEC-IRD, Directeur de thèse
M. Louis LAMBRECHTS, Institut Pasteur, Rapporteur
M. Xavier DE LAMBALLERIE, Unité des Virus Émergents-Aix-Marseille Université-IRD-Inserm, Rapporteur
Mme Nathalie CHARBONNEL, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations-INRA, Examinateur
M. Thierry BALDET, ASTRE-CIRAD, Examinateur
M. Claudio LAZZARI, Université de Tours, Examinateur
M. Ricardo LOURENCO DE OLIVEIRA, IOC-FIOCRUZ, Co-directeur de thèse

Mots-clés : Aedes albopictus, zoonoses émergentes, invasion, arbovirus zoonotiques

Résumé :
Les zoonoses émergentes sont en augmentation au cours des dernières décennies. Ainsi, il y est urgent de comprendre les mécanismes de cette émergence, en particulier d’étudier les facteurs écologiques sous-jacents qui déterminent les transferts de ces maladies de l’animal à l’homme. Originaire d’Asie, le moustique tigre Aedes albopictus est arrivé au Brésil dans les années 80 et s’est établi dans 60% des villes brésiliennes. Les forêts brésiliennes sont considérées comme un point chaud de la biodiversité mondiale, abritant des centaines d'arbovirus zoonotiques. Ces forêts que, par fois, cercles des grandes agglomérations urbaines, souffrent de la transformation du paysage réalisé par l’homme, un terreau idéal pour l'apparition de zoonoses. Cette espèce représente une préoccupation majeure pour la transmission d’arbovirus épidémiques (Dengue, Chikungunya, Zika) mais également une menace potentielle pour l’émergence de maladies zoonotiques en raison de sa présence dans les interfaces ville / forêt, de son comportement alimentaire opportuniste et de sa compétence vectorielle pour nombreux virus. Ainsi, Ae. albopictus pourrait potentiellement jouer le rôle de vecteur pont pour le transfert en milieu urbain de arbovirus zoonotiques qui circulent dans les forêts brésiliennes. Dans cette étude, nous évaluons le potentiel de cette espèce à servir de vecteur de pont entre la faune et l'homme. Pour cette proposition (i) Nous avons effectué une recherche et une analyse bibliographiques portant sur trois éléments clés permettant d’évaluer la capacité de ce moustique à assurer le transfert interspécifique des arbovirus dans les zones sylvatiques : 1) la capacité à exploiter les sites de reproduction larvaire naturels, 2) le comportement alimentaire et 3) la compétence vectorielle pour les différentes arbovirus. (ii) Nous avons étudié sur le terrain la colonisation, la dispersion, le comportement trophic et l'impact sur la biodiversité d'Ae. albopictus dans l'interface ville / forêt au Brésil. Ce travail de terrain a été réalisé à partir de dix écosystèmes de fragments de forêts dans trois Biomes au Brésil: 1) Biome Amazonia dans la réserve forestière d'Adolpho Ducke à Manaus; 2) Biome Mata Atlantica dans la réserve forestière de Pedra Branca à Rio de Janeiro, dans les fragments de forêt urbaine à Salvador, Serra, Belo Horizonte et dans les fragments de forêt rurale à Domingos Martins, Simonésia, Casimiro de Abreu, Marica-RJ; Biome Cerrado dans la forêt de Morro dos Macacos à Goiania. Dans cette thèse nous avons confirmé qu’Ae. albopictus a la capacité de coloniser des sites de reproduction naturels avec un comportement alimentaire opportuniste et une claire préférence pour les sources de sang humain, suivi par d'autres mammifères et oiseaux. Nous observons que le processus de colonisation et de dispersion est limité à la bordure de la forêt avec un impact sur la composition des espèces dans ces environnements. Nous avons observé également que ce moustique est capable de transmettre 13 arbovirus dans notre recherche bibliografic, mais aucun arbovirus n’a été détecté chez des moustiques prélevés lors du travail de terrain. Globalement, nos résultats confirment et estiment le rôle potentiel d’Ae. albopictus comme vecteur pont des maladies zoonotiques aux interfaces forêt / ville au Brésil. Ces travaux ouvrent un domaine de recherche dans lequel de nouvelles investigations pourraient évaluer le risque potentiel de propagation des maladies zoonotiques des zones forestières aux zones urbaines, dans le but de limiter les futures émergences virales.



Thierry LEFEVRE vous convie à ma soutenance d'HDR (sur le thème "écologie évolutive des interactions hôtes-parasites") le lundi 19 Mars à 14h00 dans la salle 151 du centre IRD de Montpellier devant le jury composé de :
 
Anna-Bella Failloux (Institut Pasteur, Paris)
Thierry Rigaud (CNRS, Dijon)
Fabrice Vavre (CNRS, Lyon)
Isabelle Morlais (IRD, Montpellier)
Frédéric Thomas (CNRS, Montpellier)


 

 

 

La soutenance de thèse de Victor CHAUMEAU aura lieu le mardi 21 Novembre à 09h00 à l'Amphithéâtre des Plantes du Centre IRD de Montpellier. Elle est intitulée

Déterminants entomologiques de la transmission du paludisme dans la zone transfrontière entre la Thaïlande et le Myanmar dans un contexte d’élimination de Plasmodium falciparum

 

 

Le jury sera composé de :
Jean-Pierre DEDET, Professeur émérite, Université de Montpellier
Vincent CORBEL, Directeur de recherche, IRD, directeur de thèse,
Marc COOSEMANS, Professeur, Institut de Médecine Tropicale d’Anvers et Université d’Anvers, rapporteur
Claudio LAZZARI, Professeur, Université de Tours et Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte, rapporteur
Fabrice CHANDRE, Chargé de Recherche, IRD, examinateur
François NOSTEN, Professeur, Université d’Oxford et Shoklo Malaria Research Unit, examinateur


Résumé :
L’Asie du Sud-Est est un foyer historique de paludisme chimio-résistant particulièrement difficile à contrôler. Le développement de résistances à l’artémisinine chez Plasmodium falciparum justifie la mise en place d’une stratégie d’élimination rapide afin d’enrayer le phénomène. Cependant, la mise en évidence de villages hotspots (« points chauds ») où la majorité des infections sont asymptomatiques complique la tâche. Cette thèse s’inscrit dans le cadre d’une étude pilote multicentrique visant à évaluer l’efficacité du protocole Mahidol-Oxford d’élimination médicamenteuse ciblée (diagnostic et traitement précoce des cas symptomatiques incidents et élimination du réservoir asymptomatique dans les villages hotspots par le traitement de masse). Nous rapportons ici les résultats du volet entomologique de cette étude sur le site thaïlandais. Le principal résultat est la forte corrélation observée entre la prévalence de l’infection asymptomatique et le taux d’infection des vecteurs. Nous avons démontré que l’élimination du réservoir asymptomatique avec le traitement de masse permet d’interrompre rapidement le cycle de transmission de P. falciparum. Nous avons également confirmé la complexité des systèmes vectoriels en présence (nombreux vecteurs avec des caractéristiques biologiques et écologiques différentes) et l’importance de la transmission résiduelle dans la zone (seulement 35% des piqûres sont potentiellement prévenues par les moustiquaires). Ce travail a permis de générer des données importantes pour orienter la politique d’élimination mise en oeuvre par les programmes nationaux. Les implications pour la lutte anti-vectorielle et des pistes de recherche ont été identifiées.

Mots clés : Asie du Sud-Est, Thaïlande, Myanmar, paludisme, résistance, artémisinine, traitement de masse, anophèles, transmission résiduelle, moustiquaires, insecticides, élimination, lutte anti-vectorielle.

 

 

 

La soutenance de thèse de Phubeth YA-UMPHAN aura lieu le vendredi 24 Novembre à 14h00 à l'Amphithéâtre des Plantes du Centre IRD de Montpellier. Elle est intitulée

Etude du risque de transmission du paludisme le long de la frontière Birmano-Thaïlandaise par l’utilisation de biomarqueurs spécifiques d’exposition humaine aux piqures d’Anopheles et au Plasmodium

 

Le jury sera composé de :
Jean-Pierre DEDET, Professeur émérite, Université de Montpellier
Vincent CORBEL, Directeur de recherche, IRD, directeur de thèse,
Theeraphap CHAREONVIRYAPHAP, Professeur, Kasetsart University, co-directeur de thèse
Catherine BOURGOIN, Directeur de recherche à L’Institut Pasteur de Paris, rapporteur
Lionel ALMERAS, Maître de conférences à l’Université Aix-Marseille, rapporteur
Anne POINSIGNON, Chargé de Recherche, IRD, examinateur


Résumé :
Le long de la frontière entre la Thaïlande et le Myanmar (TMB), le paludisme se caractérise par une fortehétérogénéité de la transmission, une forte prévalence en porteurs sub-microscopiques et par l’émergence de la résistance à l’artémisinine chez Plasmodium falciparum. L'identification précoce des « foyers » infectieux et leurs éliminations sont nécessaires pour contenir la résistance à l'artémisinine. L'objectif de cette thèse était de démontrer l’intérêt d’utiliser des biomarqueurs sérologiques de l'exposition humaine aux piqûres d'anophèles (gSG6-P1) et au Plasmodium (CSP & MSP119) pour quantifier le contact homme-vecteur et identifier les foyers résiduels de transmission. Des papiers filtres contenant du sang ont été prélevés sur une cohorte de 2600 personnes suivie tous les 3 mois jusqu'à 18 mois et analysés par dosage immuno-enzymatique (ELISA). Nos résultats ont montré que les niveaux de réponse IgG à l'antigène gSG6-P1 variaient selon le village, la saison et l'âge et étaient positivement corrélés à l'abondance des espèces anophèles et des vecteurs primaires de paludisme. Une association significative et positive a été observée entre la réponse de l'anticorps au gSG6-P1 et le taux d'inoculation entomologique (EIR), démontrant ainsi que l'hétérogénéité de la transmission du paludisme était directement associée à un comportement de piqûre hétérogène. Des études complémentaires ont montré que le biomarqueur salivaire était pertinent pour détecter des variations micro géographiques dans la transmission à P. falciparum. Cela s’est traduit par des chevauchements significatifs entre les foyers infectieux à P. falciparum et ceux à forts répondeurs en anticorps anti-salive d’Anopheles (gSG6-P1). Dans l'ensemble, ces résultats indiquent que le biomarqueur salivaire d'Anopheles est prometteur pour les études épidémiologiques et pourrait guider la mise en œuvre d’interventions de lutte antivectorielle « ciblées » afin d'éliminer les foyers résiduels de paludisme.

Mots clés : Zone frontalière Thailando-Birmane, Plasmodium falciparum, marqueurs sérologiques, biomarqueur salivaire, gSG6-P1, Réponse anticorps, vecteurs de paludisme, Transmission

 

Avis de Soutenance

Madame Emma SAULNIER

Sciences de l'évolution et de la Biodiversité

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Phylodynamique des pathogènes viraux par calcul bayésien approché

dirigés par Monsieur Samuel ALIZON et Monsieur Olivier GASCUEL

Soutenance prévue le mardi 28 novembre 2017 à 9h00
Lieu :   IRD, 911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier Cedex 5
salle Amphithéâtre des plantes

Composition du jury proposé

M. Samuel ALIZON, CNRS Directeur de these
M. Olivier FRANÇOIS, Université J. Fourier, Grenoble Rapporteur
M. Christophe FRASER, Oxford Big Data Institute Rapporteur
Mme Pauline EZANNO, INRA Examinateur
Mme Catherine MATIAS, CNRS Examinateur
M. Emmanuel PARADIS, IRD Examinateur
M. Olivier GASCUEL, CNRS/Institut Pasteur CoDirecteur de these

 

Mots-clés : épidémiologie, phylogénie, calcul bayésien approché, virus, statistiques, bioinformatique

Résumé : 
Inférer des paramètres épidémiologiques à partir de phylogénies ou de données d'incidence est toujours un enjeu. D'une part, les approches basées sur les données d'incidence donnent souvent des estimations erronées du fait du biais d'échantillonnage important sur ce type de données. D'autre part, les approches utilisant les phylogénies reposent généralement sur des fonctions de vraisemblance exprimées à partir de modèles démographiques relativement simples et peu pertinents au regard des dynamiques épidémiologiques. A notre connaissance, il n'existe aucune méthode d'inférence utilisant les deux types de données, qui se base sur des modèles épidémiologiques. Ce travail de thèse a donc conduit au développement de méthodes de calcul bayésien approché qui ne nécessitent aucune fonction de vraisemblance. Ces approches sont basées sur des simulations à partir de modèles épidémiologiques, des techniques de régression et un grand nombre de statistiques de résumé qui permettent de capturer l'information épidémiologique des phylogénies et des données d'incidence. Nous avons comparé ces nouvelles méthodes de calcul bayésien approché à diverses approches existantes permettant d'inferer des paramètres épidémiologiques à partir de phylogénies ou de données d'incidence et obtenu des résultats tout au moins similaires. Ces approches nous ont ensuite permis d'étudier la dynamique de l'épidémie de virus Ebola de 2013-2016 en Sierra Leone et celle de l'épidémie de VIH-O au Cameroun. Ce travail est un premier pas vers l'application de méthodes sans-vraisemblance à des modèles complexes, de façon à aider les organismes de santé publique à établir des mesures de contrôle plus efficaces.