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Diego AYALA soutiendra son HDR le mercredi 3 février 2021 à 14h00 en visio*

 

Title

Natural and anthropogenic evolution of the malaria vector
Anopheles gambiae

 

Jury

Claudio Lazzari, Professeur Université Tours
Mathieu Joron, Directeur de Recherche CNRS, Rapporteur
Sarah Bonnet, Directrice de Recherche INRAE, Rapporteuse
Kenneth Vernick, Directeur de Recherche Institut Pasteur, Rapporteur,
Frederic Tripet, Professeur Université Keele

 

Abstract

I am interested in evolutionary processes driving adaptation and evolution in mosquito vectors. In particular, my research focuses on the ability of major malaria vectors to adapt to a broad range of environmental and ecological conditions. I combine different genomic, physiological and behavioral approaches towards a comprehensive understanding of natural populations of these mosquito vectors. My fieldworks activities span several Africa regions. I use my access to field in order to fill the gap between lab-based and field-based experiments. In the last time, I focus to understand the underlying mechanisms that lead Anopheles to adapt to anthropogenic habitats, and in consequence, to became vectors.

 

* membres du Mivegec, voir vos mails 'mivegec-tous' pour le lien

 

 

 

 

 

 

Le lundi 21 décembre 2020, à 14 heures, Benedicte FUSTEC soutiendrai sa thèse intitulée

Étude du potentiel des biomarqueurs sérologiques pour évaluer le risque de transmission de la dengue dans le nord-est de la Thaïlande

 

Cette soutenance se déroulera en visioconférence*

 

Cette thèse sera défendue devant un jury composé de :

·      Jean Pierre Dedet (président du jury)
·      Lionel Almeras (rapporteur)
·      Nicole L. Achee (rapporteur)
·      Audrey Lenhart (examinatrice)
·      Richard Paul (examinateur)
·      Vincent Corbel (directeur de thèse)
·      Hans J. Overgaard (co-encadrant de thèse)

 

En voici son résumé :

En Thaïlande, l'épidémiologie de la dengue est saisonnière et cyclique, mais les épidémies sont particulièrement difficiles à prévoir. Divers indices épidémiologiques et entomologiques ont été utilisés pour la surveillance, mais ils manquent de fiabilité et de précision pour évaluer le risque de transmission de la dengue. Cette thèse vise à développer des outils et des indicateurs de risque de transmission de la dengue plus pratiques et plus sensibles qui peuvent être utilisés pour prévoir les épidémies de dengue. Une première étude épidémiologique rétrospective a montré que le schéma spatio-temporel de l'incidence de la dengue est fortement guidé par les facteurs climatiques et l'urbanisation. Des enquêtes sérologiques menées dans le cadre d'un essai contrôlé randomisé ont mis en évidence une association "dose-réponse" forte et positive entre l'abondance des adultes atteints d'Aedes et l'intensité de la réponse de l'Ab au peptide salivaire de l'Aedes, démontrant ainsi la capacité des biomarqueurs salivaires à évaluer les variations à petite échelle du risque d'exposition à l'Aedes. Une étude cas-témoins menée dans la même région a toutefois montré que ni le niveau d'infestation par l'Aedes ni l'intensité de la réponse de l'Ab à l'Aedes n'étaient de bons prédicteurs de la dengue et que les facteurs de risque associés à la dengue étaient l'âge, les caractéristiques de la maison et la présence d'Aedes infecté par le DENV au domicile du patient. Cette thèse a mis en évidence les interactions complexes entre les vecteurs Aedes, les facteurs climatiques et socio-économiques et le risque de transmission de la dengue en Thaïlande et a discuté des implications pour le développement d'indices d'alerte plus efficaces pour prévenir les épidémies.

 

* Membres du MiVEGEC : regarder vos mails 'mivegec-tous' pour le lien de la visioconférence

 

 

 

 

Le lundi 14 décembre 2020, à 14 heures, Jérôme BOURRET soutiendra sa thèse intitulée

Mesurer et comprendre le biais d’usage des codons :
du recueil des applications à l’évolution des paralogues et des polyomavirus

 

Cette soutenance se déroulera en visioconférence et sera accessible au lien suivant :

> https://meet.starleaf.com/4317852139/app

Il est fortement conseillé de télécharger l’application StarLeaf à partir de ce lien. Cette application est éphémère, c’est-à-dire qu’elle ne contient que les informations de la soutenance et ne s’installera donc pas véritablement sur votre ordinateur.

 

Cette thèse sera défendue devant un jury composé de :

·      Céline Scornavacca (présidente du jury)
·      Laurent Duret (rapporteur)
·      Gwenael Piganeau (rapporteure)
·      Anna-Sophie Fiston-Lavier (examinatrice)
·      Céline Bressollette (examinatrice)
·      Lucie Etienne (examinatire)
·      Ignacio Gonzalez Bravo (directeur de thèse)
·      Samuel Alizon (directeur de thèse)

 

En voici son résumé :

Au cours du processus cellulaire de traduction, la machinerie ribosomale synthétise une protéine au travers de la lecture successive des codons le long de l'ARN messager. À chaque codon lu, les ribosomes font appel aux ARN de transfert, chargés d'un acide aminé (l'unité de base des protéines). La complémentarité entre le codon de l'ARNm et l'anticodon de l'ARNt est évaluée, conduisant éventuellement à la polymérisation de l’acide aminé sur la protéine naissante. Il existe 64 codons associés classiquement à 20 acides aminés. Plusieurs codons, qualifiés de synonymes, peuvent donc être associés à un même acide aminé. Le biais d’usage des codons (CUB) désigne l'usage différentiel des codons synonymes à l’échelle d'un gène, d'une région génomique ou d'un génome. Le CUB peut être associé à des processus mutationnels, à l'origine de particularités locales de composition nucléotidique, mais aussi à des processus de sélection pour améliorer la dynamique de synthèse de protéines. L’influence de ces deux processus sur le CUB a été démontrée chez les procaryotes et chez certains eucaryotes. Cependant, il n’existe pas d’évidence forte d’une sélection agissant à l’échelle des gènes des Vertébrés, et plus précisément des mammifères. Considérons-nous donc le CUB dans ces espèces sous un angle correct ? Possédons-nous les outils nécessaires pour tirer de telles conclusions ? Pour répondre à ces questions, nous proposons ici une approche mathématique, informatique et analytique du CUB par le biais de l'analyse de paralogues et de virus humains.

Nous avons conçu un nouvel indice de mesure du CUB appelé COUSIN (COdon Usage Similarity INdex), qui quantifie la distance entre le CUB d’une séquence et celui d’une référence, et qui se démarque des autres indices existants par sa clarté dans l’interprétation des résultats. Cet indice est implémenté au sein d’un un outil éponyme (http://cousin.ird.fr). Dans un deuxième temps, nous avons effectué une étude de l’histoire évolutive et du CUB des gènes paralogues de Vertébrés Polypyrimidine Tract-Binding Protein (PTBP) dont l’expression tissu-spécifique pourrait être associée aux différences dans leur CUB. Nous montrons que les paralogues PTBP1 semblent soumis à un biais mutationnel vers un enrichissement en GC, alors que le CUB des PTBP2 pourrait refléter une sélection traductionnelle vers l’utilisation de codons rares dans le génome. Nous interprétons que l’évolution du CUB des PTBPs est compatible avec un scénario de sous-fonctionnalisation des paralogues par expression différentielle pendant le développement des Vertébrés. Finalement, nous avons étudié le CUB chez des virus humains au travers des polyomavirus humains (PyVs). Du fait de leur mode de vie obligatoirement parasite de la machinerie de traduction, le CUB des virus pourrait impacter la présentation clinique de l’infection. Notre choix des PyVs humains vient précisément de leur diversité génotypique ainsi que de leur multiplicité de manifestations cliniques. Les infections par PyVs humains sont fortement prévalentes et asymptomatiques mais, dans un contexte d’immunosuppression, elles peuvent provoquer des symptômes tissulaires importants et parfois mortels. Le Polyomavirus BK (BKPyV) est notamment connu pour provoquer des néphropathies chez des patients récipients d’une greffe de reins. Pour préparer l'analyse de données longitudinales de virémie, de virurie et génétiques sur des patients récipients d'une greffe de reins, nous avons construit deux pipelines permettant une analyse du génome des PyVs et de leur génotype. Afin de mieux comprendre la dynamique évolutive de BKPyV dans le cadre des néphropathies, nous avons analysé l’évolution et le CUB des PyVs dans le contexte de la relation hôte-parasite.

Les résultats proposés au sein de cette thèse enrichissent les bases pour l’étude du CUB chez les Vertébrés, et alimentent le débat sur les approches tissu-spécifiques au travers de l'expression différentielle des gènes et du tropisme des virus.