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Offre de stage de Master 1

 

Sujet : Diversité génétique de Plasmodium falciparum chez différentes espèces d’Anophèles.

Contenu du stage : Le succès d’infection d’un parasite peut dépendre à la fois de facteurs génétiques de l’hôte et du parasite. Des interactions génotype x génotype peuvent ainsi moduler les succès d’infections aux seins de systèmes vectoriels complexes, comprenant plusieurs espèces de vecteurs et des isolats de parasites polymorphes. Nous testerons l’effet génotype X génotype dans les interactions entre isolats de parasites Plasmodium falciparum et 3 espèces de moustiques vecteurs.

Les conséquences d’une telle structuration auraient à la fois des implications évolutives, chaque espèce de moustique représentant une pression de sélection différente pour les populations de parasite, et épidémiologiques, puisque la transmission d’une souche de parasite donnée dépendrait des espèces de moustiques en présence.

Le(a) stagiaire travaillera avec des moustiques de trois espèces, infectés expérimentalement à partir des mêmes populations naturelles de parasites. Il devra déterminer la diversité génétique des parasites au sein de chaque individu moustique au moyen de marqueurs polymorphes amplifiés par PCR et séquencés sur Illumina Miseq. Il traitera les données issues du séquençage pour déterminer les différents haplotypes présents et leur répartition entre les espèces.

Profil recherché : Étudiant(e) en première année de master de sciences, cursus santé, écologie de la santé ou écologie évolutive. Motivé(e), rigoureux(se), désireux(se) d’apprendre et autonome. Bonne qualité rédactionnelle, à l’aise avec les outils informatiques, expérience de linux appréciée.

Environnement de travail : Le stage se déroulera au sein de l’UMR MIVEGEC situé sur le site de l’IRD au 911 avenue Agropolis à Montpellier. Le(a) stagiaire travaillera au laboratoire pour les aspects de biologie moléculaire (extractions d’ADN, PCR et préparation des banques de séquençage), et sur informatique pour les analyse (bioinformatique et statistiques).

Durée du stage : 3 mois + 1 mois de prolongation souhaité

Mots clefs : Interactions hôte-parasite, Interaction génotype x génotype, NGS, Biologie moléculaire, Bioinformatique.

Encadrants : Anais Appelgren (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.), Anna Cohuet (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)
       

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Les agents de l’UMR MIVEGEC (toutes tutelles et tous corps confondus) s’impliquent fortement dans les actions pédagogiques et leur organisation. En formation initiale, les publics visés relèvent de différentes structures françaises (Faculté des Sciences et Faculté de Médecine de l’Université de Montpellier ; écoles doctorales françaises ; diplômes de spécialisation médicale), étrangères et internationales (parcours de master vietnamien, franco-ivoirien ou européens labellisés ERASMUS Mundus). Les autres actions de MIVEGEC en formation continue et diffusion scientifique visent également des publics très divers (enseignants du secondaire en Sciences de la vie et de la Terre ; masters, doctorants et chercheurs ; scolaires, collégiens et lycéens ; grand public) et se concrétisent de manière très diverses (écoles de terrain et écoles d’été organisées tant au Nord qu’au Sud ; MOOC ; ouvrages pédagogiques et ouvrages de vulgarisation scientifique).

 

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