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18-months postdoc position in Mathematical/Computational modeling applied to theoretical evolutionary epidemiology

 

A 18-months postdoc position in applied mathematics is available at IRD in Montpellier (www.mivegec.ird.fr). The successful candidate will be involved in a multidisciplinary project funded by the ANR. The position will start as soon as possible. Support is for 18 months with a basic gross salary from 2150 to 2500 €/month, depending on experience. The project is aiming to develop Mathematical/Computational models to evaluate how genetic and environmental influences on mosquito-Plasmodium transmission strategies can shape disease dynamic and how control programs can influence the evolution of mosquito-Plasmodium transmission strategies.

 

Background: The successful candidate will collaborate with a team of applied mathematicians with a strong experience in Mathematical/Computational modeling of infectious diseases and a team of biologists with a strong background in epidemiology and evolutionary biology, both at the research unit MIVEGEC (CNRS, IRD) Montpellier.

Assessing the relative importance of environmental and genetic determinants in shaping parasite development duration within their insect hosts using Plasmodium falciparum and its major mosquito vectors Anopheles coluzzii and An. gambiae is a key factor to evaluate the risk of emergence and the transmission of malaria (Lefèvre et al., Evolutionary Applications, 2018). In turn, this implies to model both the spread of mosquito vectors in a heterogeneous environment (heterogeneity= hosts diversity + insecticide exposure, ....) and the dynamics of its adaptation to this heterogeneous environment. The model developed will help to understand (i) the consequences for the disease dynamic and (ii) the evolutionary consequences for the disease control. The candidate will first review the existing literature and then devise a mathematical model describing the evolutionary dynamics of mosquito vectors in a heterogeneous environment. This model will be fitted to field and experimental data currently collected in Burkina Faso by biologists of the team. Simulations of this model, coupled with an optimal control or viability approach, will yield practical insights on the disease control in the host population.

Required skills:
- Strong experience in numerical simulations of models.
- Experience in mathematical modeling (including ODE and PDE).
-Additional knowledge in optimal control (or viability) theory as well as an experience in epidemiology or evolutionary modeling are not necessary but will be considered positively.
- Ability to work in an interdisciplinary project involving mathematicians and biologists.

Contact:

Ramsès Djidjou-Demasse (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.) and Marc Choisy (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.).

The position is available from now and will remain open until a successful candidate is found.

 

 

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Call for research proposals on Genomics of human infectious diseases


The increased availability and decreased cost of sequence data is transforming research in epidemiology and public health. For instance, the ebola outbreak in West Africa in 2014-2016 has led to a rapid and massive production, and sharing, of throusands of virus full genomes sequences. What is true for microbial genomics is also becoming true for human genomics. Recently, the UK biobank has released a database including more than 100,000 human genomes. The availability of these genomes has implications from epidemiology (understanding how microbes spread) to immunology (identifying candidate genes for vaccines or  treatments).

MIVEGEC (Montpellier, France) is a leading research unit in Europe working on the ecology and evolution of infectious diseases. It has strong expertise in vector-borne diseases, mathematical modeling and virus evolution. The department is looking for a young research to set up a team on human and/or microbial genomics with implications on public health.

The department calls for applications (see details below) to elaborate a proposal to be submitted to the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). If selected by the FRM, the applicant will be awarded a 200k€ grant in the first year to set-up his/her group and will have an option for a 100k€ grant the second year. This funding can be used for the PIs salary (if necessary), to hire a post-doctoral research fellow or engineer, and for consumables. In return, the department will provide access to its facilities, including the platforms (e.g. the IRD bioinformatics cluster). Applicants are also expected to apply for other types of funding by the end of the first year (ANR, ERC). Further details about the FRM application (in French) can be found here:


https://www.frm.org/chercheurs/appel-a-projets-frm/espoirs-de-la-recherche

Elligibility criteria

- Demonstrate early career achievement in genomics of human infectious diseases.
- At the deadline, hold a PhD for less than 7 years (career breaks will be taken into account).
- Not being currently supported by a significant independent grant (e.g. ERC, ATIP-Avenir, ANR Jeune Chercheur / Jeune Chercheuse).
- Demonstrate mobility throughout the scientific career.
- Demonstrate integration in international reserch networks.

Applications

Applicants should submit a 1-page CV, an exhaustive list of
publications, a research achivement statement (less than 5 pages) and a
research project (less than 5 pages). They can also add up to two
recommendation letters.

3 to 5 applicants will be selected to be interviewed by an international
panel in Montpellier

Importantly, success to this call does not guarantee success to the FRM
call. The applicant selected by MIVEGEC will only be allowed to apply to
the FRM.

Timing

- Deadline for the call: 10 July 2019
- Results for the pre-interview step: mid-August 2019
- Interviews in Montpellier: 11 September 2019

Contact

https://www.mivegec.ird.fr/en/

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Bourse de thèse

Ecologie des populations selvatiques d’Anopheles gambiae,
vecteur du paludisme

 

Date limite : 30 avril 2019

 

Description du sujet de thèse : Le moustique Anopheles gambiae est le vecteur majeur du paludisme en Afrique en partie du fait de son étroite relation avec l’homme, qui lui fournit une source de repas de sang, des sites de repos et des gîtes larvaires. Au cours de nos collectes au Gabon, nous avons trouvé des populations stables d’An. gambiae, isolées de toute présence et activités humaines. Le projet dans lequel s’inscrit cette thèse cherche à comprendre les déterminants de la présence de cette espèce à distance de l’homme et d’étudier les potentiels processus d’adaptation locale, liés à des changements écologiques, génétiques ou du préférence d’hôte. À travers de ces objectifs et basé sur l’expertise d’un consortium international, nous pourrons élucider le rôle des aires naturelles comme refuge pour des insectes d’intérêt médical et comme moteur de l’évolution dans l’adaptation à l’homme. Nos résultats permettront de développer des nouvelles stratégies de lutte basés sur la recherche d’hôte.

Profile du candidat :

  • Titulaire d’un Master 2
  • Peuvent être candidats les ressortissants d’un pays d’Afrique Subsaharienne
  • Fort intérêt en entomologie médicale et en biologie évolutive, capacité de travailler en équipe et disponibilité pour faire du terrain

Dates : Septemntbre 2019 – Août 2022

Financement : Bourse ARTS – IRD, 6 mois au Gabon, 6 mois en France par an. ANR – WILDING (D. Ayala, 2019-2022)

Etablissements :

MIVEGEC 911 Av Agropolis, 34394 Montpellier, France

CIRMF BP 769, Franceville, Gabon

Contact :

Diego AYALA 

Christophe PAUPY 

Candidatures : Lettre de motivation et CV .

 

> télécharger la fiche

 

 

 

 

 

 

AVIS DE POSTE A POURVOIR EN CDD A TEMPS PLEIN

Chef de projet - responsable coordination technique du projet régional sur La Technique de l’Insecte Stérile

 

L’Unité Mixte de Recherche (UMR) MIVEGEC IRD224-CNRS5290-UM « Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle », met en place un projet transfrontalier de recherche opérationnelle et de transfert de technologie intitulé « TIS- AEDES OI » (PI. Dr Louis Clément Gouagna) visant à explorer l’opportunité d’application de la Technique de l’insecte stérile (TIS) pour répondre de façon durable aux préoccupations sanitaires liées à la présence des vecteurs d’arbovirose dans les pays de la région de l’Océan Indien. Le projet TIS-AEDES OI regroupe 5 des pays du Sud-Ouest de l’Océan Indien, dont l’ile de La Réunion, Mayotte, l’île Maurice, Madagascar et le Kenya sur une durée de 24 mois. Ce qui motive ce projet de coopération régionale centré sur la TIS découle non seulement de l’avantage comparatif de cette nouvelle technologie par rapport aux autres méthodes de lutte antivectorielle, mais aussi la nécessité d’évaluer sa faisabilité par une approche multi-échelle, prenant en compte les contraintes auxquelles sa mise en œuvre peut être confrontée dans différent contextes. Pour la mise en œuvre de ce projet, l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD) lance un appel à candidatures pour le recrutement d'un chef de projet - responsable de la coordination scientifique sur un contrat de 12 mois renouvelable.

 

> voir/télécharger la fiche de poste

 

La date limite de dépôt de candidature est fixée au 15 octobre 2018 à 24h00 GMT

 

Contact Mivegec : Louis Clément GOUAGNA

 

 

 

 

 

 

Post-doctoral position for an ‘Omic-oriented’ parasitologist/biostatistician in Montpellier University, France

 

Starting date: November 2018 (to be discussed)

Our research

The goal of our research is to understand the genomic and transcriptomic mechanisms that enable the malaria parasite Plasmodium falciparum to establish a chronic, asymptomatic, infection. In regions such as The Gambia where malaria is highly seasonal, these infections constitute a reservoir during the dry season (with no or little transmission). From 2014 to 2017, we regularly collected blood samples from symptomatic and asymptomatic volunteers in a Gambian village, including a time series of monthly samples from the same volunteers over a 6-month period. This dataset represents a unique opportunity to address novel questions about the parasite biology. More details on our research can be found on OpenLabNotebooks.

Your projects

Project 1: Can P. falciparum sense its environment and adapt to it via transcriptional regulation?
With colleagues at LSHTM and at the Sanger Institute, we are sequencing parasite isolate transcriptomes using RNA-seq and single-cell RNA-seq technology. Your task is to identify genes differentially regulated in the dry vs wet season, in symptomatic vs asymptomatic infections, and identify putative candidates involved in cell growth. The transcriptome dataset, which will be linked with growth assay data, will be crucial in understanding how the parasite successfully establishes a chronic infection over the dry season, yet triggers a new epidemic over the following transmission season.


Project 2: P. falciparum population genetics and genomics.
In collaboration with MalariaGEN at the Sanger Institute, a dataset of parasite DNA barcodes and parasite genomes collected over 3 years in the same village is now available. You will describe the first parasite genomes sequenced from asymptomatic infections, and investigate the impact of the dry season selective pressure on the parasite population. Your task is to fully characterise the parasite population genetic diversity, using genotyping, genomic and epidemiologic data.

Your skills (essentials)

- PhD in biostatistics/bioinformatics, or in molecular biology with a strong background in biostatistics and programming
- Demonstrated experience in “Omics” data analysis
- Able to work independently
- Great communication skills in English
- Stay focused on answering a specific biological question, from the initial analysis
to publication
- Passionate about scientific discoveries

Your skills (desirable)

- Knowledge about malaria biology and population genetics
- Wet-lab experience would be a plus, particularly FACS and cell-sorting
- Willing to supervise a Master student in bioinformatics / epidemiology
- Participate actively in the lab and institute life
- Appreciate XKCD humour
 

Who we are

Antoine Claessens (PI) is a malariologist who trained at Edinburgh University, the Sanger Institute, LSHTM and the MRC-Gambia. He recently joined Montpellier University as a “Chargé de Recherche INSERM”. He was awarded an ATIP and an ANR-JC, with which this position will be funded.
A permanent Research Assistant will join the team full-time from October 2018. Each year, 2 or 3 Master students in bioinformatics / epidemiology will join the team for up to 6 months. We plan to recruit a PhD student in molecular biology in mid-2019.

What you can expect / what we can offer

The initial contract will be for two years, renewable for at least one year. You will be part of DIMNP and you will closely interact with modellists, with experienced bioinformaticians from the bioinformatics platform and with population geneticists from MIVEGEC. Both ‘UMR’ are very international, with highly competent and friendly scientists. More generally, Montpellier is a large hub for research in Life Sciences, particularly in the field of evolutionary biology. If you are from abroad, being able to speak French is not a requirement. We will help you with the administrative task of moving to France.

A more detailed description of this job application can be found here.

Interested in applying? Then please send an email to Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. with subject “post-doc #0001 - keep me updated”. I will send you a link for a formal application in late September. Starting date: November 2018 (to be discussed).

 

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Contact MiVEGEC: Antoine CLAESSENS

 

 

 

 


    

 

 

 

 

CDD Assistant ingénieur en techniques biologiques au CNRS (6 mois)

 

Date limite : 09/09/18

 

Description du poste : Ce poste est intégré au projet ERC EVOLPROOF portant sur l'écologie et l'évolution des infections par les papillomavirus humains. Le projet s'articule autour d'une étude clinique au CHU de Montpellier.


Le travail consistera principalement à effectuer les analyses biologique en suivant les protocoles mis au point, à mettre en ordre, résumer et transmettre les résultats aux responsables de projet ; à veiller au stockage et rangement des échantillons collectés.

Supervision : L'assistant-e ingénieur-e (AI) sera directement supervisé-e par une ingénieure travaillant sur le projet (Dr Massilva Rahmoun) et par le responsable du projet (Dr Samuel Alizon). Il/elle travaillera en collaboration avec une autre AI (Vanina Boué) et une technicienne de recherche (Soraya Groc).

Profil recherché : Expérience en manipulation et gestion d'échantillons biologiques et cliniques.
Compétences en biologie moléculaire, en biologie cellulaire et idéalement en cytométrie en flux.
Bonnes compétences en bureautique (pour inventaire des échantillons, communication des résultats, communication avec les partenaires).
De solides connaissances en virologie, immunologie et/ou en recherche clinique seraient un plus.

Localisation : Le travail s'effectuera en partie au CHU de Montpellier (Hôpital St Eloi) et en partie au sein du laboratoire MIVEGEC (IRD, 911 avenue Agropolis).

Rémunération : De 1400 à 1600 €/mois selon l'expérience.

Timing : Le contrat débutera d'ici mi-octobre 2018.

Horaires : Le poste nécessitera un travail en horaires décalés les lundi soir (jusqu’à 22h) et jeudi soir (jusqu’à 21h). Des plages de repos de compensation seront prévues.

Contact : Pour postuler, merci d'envoyer un CV, une courte lettre de candidature et le nom de deux référents à contacter à Samuel Alizon <Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.> avant le 9 septembre 2018.

 

 

 

 


L’unité MIVEGEC recrute à partir de Mars 2018 un.e technicien.nne. En CDD (12 mois) pour travailler avec Sylvain Godreuil et Manon Lounnas sur le diagnostic de la tuberculose chez les enfants (TB-SPEED).

Dans le cadre de ce projet, le ou la technicien.nne. sera principalement basé.e au CHU Arnaud de Villeneuve afin de développer une technique optimisée pour détecter la tuberculose dans les selles.

> voir la fiche de poste pour plus de détails


Contact : Manon LOUNNAS

 

POST DOC en VIROLOGIE

 

Présentation du poste

PostDoc
Durée : 2 ans
Début du contrat : Février / Mars 2018

Unité d’accueil : UMR MIVEGEC IRD-CNRS-UM Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 911, Avenue Agropolis Montpellier

 

Contexte

Le projet EBOSURSY, "Renforcement des capacités et de la surveillance pour la maladie à Virus Ebola" financé par l’OIE, a pour objectif principal de contribuer à mieux comprendre le rôle joué par la faune animale dans l’émergence et la propagation de la maladie Ebola à travers le continent africain. En particulier, le projet EBOSURSY tentera de caractériser le cycle naturel du virus (consolidation du rôle de réservoir des chauves-souris, recherche d’autres espèces animales susceptibles d’agir comme réservoir, compréhension des modalités des transmissions inter-espèces, détermination du rôle joué par d’autres espèces animales dans la dissémination du virus, exploration des modalités qui conduisent in fine à l’émergence du virus chez l’Homme. Au-delà de l’étude sur le virus Ebola, ce projet permettra d’identifier et de caractériser d’autres agents pathogènes véhiculés par la faune, tels que les virus responsables de fièvre hémorragique et plus généralement les virus responsables de maladies zoonotiques.


Parallèlement à cette activité de recherche, le projet devra contribuer à renforcer les capacités institutionnelles à travers l’enseignement et la formation, et à améliorer les protocoles de surveillance des zoonoses dans les pays concernés.

 

Missions

  • Superviser et/ou participer aux analyses de laboratoire : diagnostic moléculaire (RT-PCR et qPRC), culture cellulaire, préparation des librairies avant séquençage MiSeq ou HiSeq, sérologie luminex …
  • Analyser les séquences génomiques et utiliser les logiciels de phylogénie.
  • Rédiger les rapports d’activités liées au projet.
  • Participer éventuellement aux missions de collecte des échantillons biologiques.

 

Profil recherché

  • Docteur en sciences biologiques. L’expérience d’un premier postdoc serait un plus.
  • Expertise dans l’utilisation des différentes techniques de biologie cellulaire et de biologie moléculaire.
  • Bonnes connaissances en virologie.
  • Expérience souhaitée dans la conduite de projets.
  • Savoir être : autonomie, sens de l’organisation, rigueur, fiabilité, sens critique

 

Procédure
Les candidatures (lettre de motivation et curriculum vitae) sont à adresser à :
Eric Leroy
Mèl : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

 

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Une offre de poste Ingénieur d'Etude pour un CDD de 12 mois, dans l'équipe Santé Ecologie et Evolution du laboratoire MIVEGEC.

L'IE travaillera dans le cadre d'un projet portant sur l'étude de l'adaptation évolutive de Plasmodium vivax à différentes espèces hôtes (hommes, gorilles et chimpanzés) (ANR T-ERC EVAD : Evolutionary adaptation of Plasmodium vivax to hosts: from a genome-scale to a functional approach).

Date limite de candidature : 21 Février 2018

Informations générales

Intitulé du poste : Ingénieur d’études
Date de prise de position : 01 Mars 2018
Durée du contrat : 1 an
Laboratoire : MIVEGEC - Montpellier Contact : Virginie Rougeron, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

Description du poste Ingénieur d’études

-    Construction de mutant dans des vecteurs d’expression
-    Cultures cellulaires, à maintenir parfois plusieurs semaines
-    Transfection dans des cellules pour expression de protéines
-    Western Bot, ELISA, Dialyse
-    Ex-vivo invasion assays
-    Mise en place d’un protocole d’hybridation avant séquençage de génomes complets de Plasmodium
-    Préparation de librairies avant séquençage HiSeq Illumina
 

L’ingénieur d’études devra être capable d’analyser les principaux résultats et d’effectuer la lecture des travaux principaux dans le domaine de recherche. Il sera amené à rédiger des rapports méthodologiques, de préférence en anglais. Pour finir il pourra être amené à former les nouveaux arrivants aux techniques pratiquées dans le laboratoire.

Profil souhaité

Le candidat doit avoir de préférence une expérience dans les domaines de la biologie cellulaire, moléculaire et en biochimie. Le candidat doit maitriser des techniques classiques de biologie cellulaire et moléculaire, telles que l’extraction d’acides nucléiques, la PCR, le clonage, le Western Blot, l’ELISA et la culture cellulaire. Il devra être capable de mener et de gérer par moments certaines expériences longues. Il devra faire preuve d’initiative, et être capable d’interpréter et de présenter des résultats en réunion d’équipe. Une connaissance des procédures administratives quant aux formulaires à remplir et aux procédures d'hygiène et sécurité sera un plus.

 

 

 

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