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Résumé

Malgré une baisse de l’incidence en 2013, la tuberculose (TB) demeure toujours un gros problème de santé publique au Burkina Faso. Deux phénomènes compliquent le contrôle au niveau mondial : la co-infection avec le VIH et la résistance aux drogues antituberculeuses. L’objectif de ce travail était d'étudier l'écologie et l'épidémiologie du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC) responsable de la TB humaine au Burkina Faso et plus spécifiquement dans la région des Hauts Bassins. Nous évaluons également l'impact de la résistance aux antibiotiques et de la co-infection VIH/TB sur la transmission de Mycobacterium tuberculosis (MTB) dans la population. Pour atteindre ces objectifs, nous avons travaillé à deux échelles d’étude, au niveau national et au niveau de la région des Hauts Bassins. Les échantillons ont été collectés entre 2009 et 2012 dans le cadre d’une étude nationale et d’un projet ANRS. Les souches, une fois cultivées et testées pour la sensibilité aux 4 antibiotiques de première ligne, ont été génétiquement caractérisées par les techniques de spoligotypage et « minisatellites » (appelés aussi MIRU-VNTR). Les données ont été analysées en termes d’épidémiologie moléculaire et de structure des populations. L’étude moléculaire nous a permis de montrer que MTB était majoritairement responsable des TB humaines, représenté principalement par les familles CAM, T et Haarlem. Cependant, M. africanum (malgré des soucis de culture) et M. bovis sont toujours présents dans la population. En particulier, nos données montrent que la transmission de M. bovis de l’animal à l’homme est toujours effective. L’étude au niveau des Hauts Bassins a révélé une distribution différente de celle du pays suggérant des spécificités régionales. Dans la région des Hauts Bassins, le niveau d’endémicite de la TB est élevé avec une grande variabilité de spoligotypes. En effet, on observe la circulation de 9 familles différentes de MTB mais également les espèces M. africanum et M. bovis. D’un point de vue épidémiologique, d’apres nos données le taux de transmission active est important avec l’émergence de certaines familles comme la famille Haarlem. La transmission se produirait au niveau local, mais également dans toute la region entrainant une faible ou l’absence de différenciation génétique des populations du MTBC en fonction des districts. La résistance aux antituberculeux et en particulier la multi-résistance constitue un problème de santé réel dans cette région. Cette résistance est principalement causée par un génotype de la famille T, le spolygotype 53. La comparaison des données moléculaires avec des études réalisées en Côte d'Ivoire et les données épidémiologiques suggèrent une importation dans la région de souches resistantes depuis ce pays voisin. Le niveau de co-infection VIH/TB dans la région des Hauts Bassins est élevé avec une grande variabilité en fonction des centres de santé. En effet, on observe un taux de co-infections plus important en milieu urbain qu’en milieu rural. D’un point de vue épidemiologique, la tranche d’âge de 27 a 46 ans, et les femmes sont les plus à risque. Sur le plan de la dynamique de transmission de la TB, d’après nos données la co-infection VIH/TB réduirait l’infectiosité des patients et leur implication dans les cas de transmission active. En revanche, cette étude ne montre pas de structuration des populations de bacilles en fonction du statut VIH. On peut cependant noter que les lignées modernes (connues pour être plus virulentes) sont plus impliquées dans les cas de coinfection en désaccord avec notre hypothèse de travail. En conclusion, les études réalisées dans cette thèse au niveau national mais aussi régional mettent en évidence une grande diversité des bacilles tuberculeux et une transmission interhumaine très active de la TB au sein de la population, mais également de M. bovis entre l’animal et l’homme. La résistance aux antibiotiques est très préoccupante au Burkina Faso avec des souches mono, multi et polyrésistantes aux 4 antibiotiques de première ligne. Elle semble également jouer un rôle dans la transmission récente et la transmission inter-pays. Enfin, la co-infection VIH/TB semble poser des problèmes sanitaires graves principalement au niveau individuel et non au niveau populationnel dans ce pays, d'autant plus que ces patients sont en général infectés par des lignées modernes, connues pour être plus virulentes.

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