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Résumé

Dans le domaine des maladies infectieuses, il est démontré que les études de génétique des populations sont indispensables pour la compréhension des patterns de transmission. Ce travail est focalisé sur les stratégies de reproduction et la structure des populations chez les Leishmania, parasites à l'origine des leishmanioses, importants problèmes de santé publique. Beaucoup reste à faire quant à l'identification des processus évolutifs impliqués dans le fonctionnement et l'organisation des foyers de transmission. Depuis les années 1990, deux hypothèses sur le mode de reproduction s'opposent, clonalité versus reproduction sexuée. Cependant, le modèle clonal a été largement admis, malgré les nombreuses contradictions.

Notre premier objectif dans ce travail est d'étudier les stratégies de reproduction de trois taxons, Leishmania braziliensis, L. guyanensis et le complexe L. donovani.

Le second objectif est de proposer un modèle général d'évolution des Leishmania à partir de toutes ces données.

Le troisième objectif est de mieux comprendre le fonctionnement des cycles de transmission au travers de la structure des populations.

Les analyses révèlent que les 3 modèles suivent des régimes de reproduction mixte : les Leishmania seraient capables d'alterner différents modes de reproduction (clonalité, endogamie et allogamie), variables en proportion d'une espèce à l'autre. Epidémiologiquement, les fortes structurations observées dans chacune des populations indiquent que les foyers sont organisés en multiples cycles de transmission (imbriqués ou non). Certains de ces cycles présentent des spécificités d'hôtes soulignant le caractère zoonotique versus anthroponotique ou encore domestique versus sauvage du système.



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